Nació en Basilea, en familia acomodada; fue educado en Neuchâtel, y hasta 1839 estudió teología protestante. En 1838 hizo su primer viaje a Italia y también publicó sus primeros artículos importantes: Bemerkungen über schweizerische Kathedralen («Observaciones acerca de las catedrales suizas»). En 1839 se trasladó a la Universidad de Berlín, donde estudió hasta 1843, aunque pasó parte de 1841 en Bonn, donde fue pupilo de Franz Kugler, historiador de arte, a quien le dedicó su primer libro: Die Kunstwerke der belgischen Städte (Las obras de arte de las ciudades belgas) (1842).

Fue profesor de historia en la Universidad de Basilea (1845–1847, 1849-1855 y 1858–1893) y en el Instituto Politécnico Federal de Zúrich (1855–1858). Basilea tenía una universidad muy pequeña, con 27 alumnos, pero como profesores estaban W. Dilthey, Johann Jakob Bachofen y Friedrich Nietzsche. Burckhardt tenía tres alumnos, uno de ellos era el propio Nietzsche.2

Criticó a la llamada cultura industrial y fue contrario a las tendencias idealistas e historicistas en boga en el mundo académico durante su época. En contraposición a ellas elaboró una teorización historiográfica a la cual llamó Kulturgeschichte («Historia de la cultura»)