Tras obtener la habilitación como docente (1.913) trabajó en las universidades de Innsbruck y Viena. En 1.921 accedió a la cátedra de Química Orgánica de la Universidad Técnica de Munich, donde en 1.929 consiguió sintetizar la molécula de hemina, un compuesto complejo relacionado con la hemoglobina (la sustancia que da a la sangre su color rojo). Por este trabajo obtuvo el Premio Nobel de Química en 1.930. Después de ese éxito intentó la síntesis de la clorofila, algo que no se lograría hasta 1.959. El 31 de marzo de 1.945, poco antes del final de la Segunda Guerra Mundial, Fischer, cuyos trabajos habían dejado de ser impulsados por carecer de importancia bélica, se suicidó.