Desde la edad de 16 hasta 32, Nichiren estudió en numerosos templos en Japón, especialmente Enryakuji y Monte Koya (que en esa época eran los principales centros de estudios budistas) y en la zona de Kioto-Nara. Con el tiempo llegó a la conclusión de que las enseñanzas más elevadas de Buda (563 - 483 a. C.) se encontraban en el Sutra del Loto. El mantra que él expuso el 28 de abril de 1253, Nam Myoho Renge Kyo, expresa su devoción por el cuerpo de enseñanzas.
Durante su vida, Nichiren sostuvo estridentemente que las enseñanzas del budismo contemporáneo impartidos por otros grupos (en particular, nembutsu, zen, shingon y ritsu se equivocaban en sus interpretaciones de la ruta correcta hacia la iluminación y por lo tanto ellos debían ser refutados públicamente. De este modo, Nichiren provocó la ira de los gobernantes del país y de los sacerdotes de los grupos que criticaba, el fue objeto de persecuciones que incluyeron un intento de decapitación y por lo menos dos exilios. Algunas escuelas nichiren ven el incidente de la decapitación intentado como marca de un punto de inflexión en la enseñanza de Nichiren, ya que Nichiren comenzó a inscribir el Gohonzon y una serie de importantes tratados doctrinales en el periodo posterior, durante su exilio de tres años en la isla de Sado en el Mar del Japón. Después de ser indultado y habiendo regresado del exilio, Nichiren se trasladó a Monte Minobu, en la actual perfectura de Yamanashi, donde él y sus discípulos construyeron un templo. Nichiren pasó la mayor parte del resto de su vida allí, entrenando y formando discípulos.