Jacob Bernays nació en Hamburgo de padres judíos . Su padre, Isaac Bernays (1792-1849) fue un hombre de amplia cultura y el primer rabino ortodoxo alemán en predicar en lengua vernácula; su hermano, Michael Bernays , que también fue un distinguido erudito.

Entre 1844 y 1848, Bernays estudió en la Universidad de Bonn , cuya escuela filológica, bajo Friedrich Gottlieb Welcker y Friedrich Wilhelm Ritschl (de quien Bernays se convirtió en el alumno favorito), era el mejor en Alemania.

En 1853, aceptó la cátedra de filología clásica en el recién fundado Seminario Teológico Judío de Breslau , donde formó una estrecha amistad con Theodor Mommsen . En 1866, cuando Ritschl dejó Bonn para ir a Leipzig , Bernays regresó a su antigua universidad como profesor extraordinario y bibliotecario jefe. Permaneció en Bonn hasta su muerte el 26 de mayo de 1881. [1] Tras su muerte, legó su biblioteca hebrea al Seminario Teológico Judío de Breslau.