Juan Avilés Farré (1950) es un historiador español, catedrático de Historia Contemporánea de la UNED.
Doctor en Historia por la Universidad Complutense en 1981. Profesor titular del Departamento de Historia Contemporánea de la UNED de 1987 a 1996. Catedrático del mismo departamento desde 1996. Profesor emérito desde 2020.
En 1985 publicó La izquierda burguesa en la II República, libro que reunía su tesis doctoral dirigida por Javier Tusell. El mismo Tusell prologó el libro, elogiando el manejo que Avilés hacía de las fuentes, su comparativa con otros países o el análisis del papel de la masonería
En 1994 publicó Pasión y farsa. Franceses y británicos ante la Guerra Civil española, en la que sostiene la tesis de que el Reino Unido y Francia tuvieron «una influencia de primera magnitud» en el desarrollo de la Guerra de España, pero «mucho más por lo que dejaron de hacer que por lo que hicieron». Considera que la postura francesa de no intervención vino marcada por su división política interior, por su grave crisis financiera que le hacía depender de los países anglosajones y por la necesidad de apoyarse en el Reino Unido en su actuación internacional. No obstante, destaca la importancia de la permisividad francesa en 1938, cuando permitió que el material de guerra soviético atravesara su territorio con destino al bando republicano. En cuanto a los británicos, considera que mantuvieron siempre el criterio de que «el triunfo de un bando u otro en España era secundario respecto a la cuestión fundamental de evitar que el conflicto diera lugar a una guerra europea». Este appeasement partió de la base errónea de que Hitler perseguía objetivos parciales, cuando, en realidad, los buscaba totales. La crítica ha elogiado particularmente el tratamiento de las cuestiones de prensa y propaganda.
En 2006, Avilés publicó Francisco Ferrer y Guardia. Pedagogo, anarquista y mártir, una biografía del famoso pedagogo libertario. La crítica elogió la poca parcialidad del libro, inusual en la bibliografía sobre el personaje, así como la elaboración de una completa síntesis acerca de un personaje polifacético.
En el mismo año vio la luz La izquierda burguesa y la tragedia de la II República. libro que reelaboraba su anterior La izquierda burguesa en la II República. En él realiza un análisis de los partidos burgueses de izquierda durante los últimos años del reinado de Alfonso XIII y la II República. Estudia la influencia del Grupo de Acción Republicana, Alianza Republicana y Partido Republicano Radical Socialista en la caída de la Dictadura y de la propia monarquía, la labor reformadora realizada durante el primer bienio republicano, su labor opositora durante el segundo bienio, la influencia de la masonería y el enfrentamiento final en dos bloques radicalizados en las elecciones de 1936.
Es también obra suya La daga y la dinamita: los anarquistas y el nacimiento del terrorismo (2013), —en la que, según Isidoro Gilbert, Avilés Farré propone una continuidad entre los movimientos anarquistas del siglo XIX y el yihadismo del siglo XXI—, además de la biografía de la dirigente comunista Dolores Ibárruri «Pasionaria», Pasionaria: la mujer y el mito (2005) o Osama Bin Laden y Al Qaeda, el fin de una era (2011), entre otras.
En los últimos años se ha centrado en la historia internacional del terrorismo. En 2013 publicó La daga y la dinamita: los anarquistas y el nacimiento del terrorismo. Según el historiador Eduardo González Calleja, este libro tiene la virtud de presentar el caso español tanto en sus dimensiones propias como en relación con el movimiento anarquista internacional, y por su erudición y ambición interpretativa resulta una obra de referencia en la historia internacional del terrorismo.
Según la historiadora Carmen López Alonso, esta obra expone de modo sintético y didáctico la historia del yihadismo, con un alcance más amplio de lo que su título indica, ya que la exposición no se limita a mostrar la evolución que va desde Al Qaeda al Dáesh, sino que comienza con una útil introducción en la que se explica cómo funciona una investigación histórica, la necesidad de partir de una documentación contrastada para poder realizar un análisis que tenga como base una clara definición conceptual, tan imprescindible en un tema como este en el que suelen primar las opiniones poco fundamentadas. Ya el título del libro deja clara esta precisión conceptual pues no utiliza el término islámico, sino que se refiere al terrorismo yihadista, aquel cuyo discurso justificativo de la violencia «no se halla en la propia tradición islámica sino en una reinterpretación de la misma efectuada a mediados del siglo XX por obra de una corriente que se suele denominar salafismo yihadista».
En 2021 publicó La estrategia de la tensión: Terrorismo neofascista y tramas golpistas en Italia, 1969-1980. Según el historiador Matteo Re, este libro analiza un sinfín de documentos, miles de páginas de sentencias y una amplia bibliografía
