Nacido en los suburbios de París, comienza su educación secundaria en el liceo de Sceaux, donde su madre era profesora. Se educó en la École Normale Supérieure. Su participación en la rebelión estudiantil de mayo de 1968 lo acercó al Partido Comunista francés, que más tarde lo expulsó por su homosexualidad. Enseñó Filosofía en la universidad Vincennes-Saint Denis de París y fue autor de numerosas novelas y obras teóricas, además de ser colaborador habitual de la publicación Libération.
Hocquenghem fue el primer hombre en pertenecer al Front Homosexuel d'Action Révolutionnaire (FHAR; Frente Homosexual de Acción Revolucionaria), originalmente formado en 1971 por la escisión del Mouvement Homophile de France de un grupo de lesbianas. En 1972 anunció públicamente su homosexualidad en el Nouvel Observateur, siendo el primer hombre en Francia en hacerlo.
Escribió y produjo un documental sobre la historia homosexual, Race d'Ep! Un siècle d'image de l'homosexualité. Hocquenghem murió de una enfermedad asociada con el sida en 1988. Sus cenizas se encuentran en el cementerio de Père-Lachaise.
A pesar de que Hocquenghem tuvo un impacto significativo en Francia, su reputación no se ha extendido internacionalmente. Sólo se han traducido al inglés dos obras, Le désir homosexuel (Homosexual Desire) y su primera novela L'amour en relief.
